Деревня Спас-Прогнань была основана на реке Прогнани в далеком 1613 году. Изначально там было сельское поселение с храмом из дерева. Позже в 1784 году И. А. Золотухин по чертежам зодчего М. Г. Преображенского соорудил на селе голокаменный храм. А в 1829 году его внук П. Л. Чебышев, достроил колоколенку из камня. В итоге у храма стало четыре пристройки: центральная, в почет Преображения Господня, и постройки в почет великомученика Георгия Победоносца, в почет Благовещения Пресвятой Богородицы и в почет преподобного Пафнутия Боровского.
У храма красовались две деревянные часовенки. В святилище устроили школы: церковноприходскую и земскую.
В 20 веке в храме практически не велось никаких служб, потому что отсутствовали служители. В декабре 1937 года Батюшка Григорий Виноградов был репрессирован. С 1937 года по 90-е годы храм был под властью государства и являл собой музей Чебышева. Настоятелем храма целых 36 лет был Амвросий (Иванов). Его схоронили у храма. После него настоятелем значился иеромонах Никифор (Коженков) с 1996 года.
В 90-х годах храм полностью отладили, украсили росписью стены изнутри, возвели новенькую колокольню. В храме особо ценны иконы Божей матери.